Как административная единица район образовался в 1920 году, в 1923 году это решение было закреплено решением областного съезда Советов. В сентябре 1924 года образован Уймонский аймак. Центр аймака – село Катанда. Согласно протоколу №75 заседания ВЦИК от 10.04.1933 года Уймонский аймак переименован в Усть-Коксинский, центр аймака перенесен из Катанды в Усть-Коксу.
В 1963 году Указом Верховного Совета РСФСР от 01.02.63 Усть-Коксинский аймак ликвидирован, а его территория отошла к Усть-Канскому аймаку. 14 марта 1963 года Усть-Канский аймак переименован в район.
В 1964 году Указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 04.03.64 г. был вновь образован Усть-Коксинский район с центром в с. Усть-Кокса.